Ce ne sono molti che fanno il caso tuo, e in genere fanno anche qualcos'altro.
Dài quindi una buona occhiata a
PVAStrumento, creato apposta per ripulire e processare i file SAT: il join lo puoi fare aprendo contemporaneamente più file tramite una "selezione multipla" (vedi anche l'ottimo manuale che spiega in profondità le problematiche dei file SAT) oppure
MPEG2Cut2, il cui compito sarebbe quello di tagliare i file MPEG, ma è ottimo anche per giuntarli (forse anche di più di PVAS)...